【必見】土地を売買したときにかかる税金の種類や計算方法を徹底解説

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土地の売却後は、売却代金すべてが手元に残るわけではありません。なぜなら、売却する際には税金や手数料などのさまざまな費用がかかるからです。

かかる費用が想像以上に高くなる可能性もあるため、事前にどのくらいかかるかをシミュレーションしておくと安心です。この記事では、土地を売却したときにかかる税金の種類や計算方法などをわかりやすく解説します。

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土地売却時にかかる税金の種類

税金のなかには、必ずかかるものとそうでないものがあります。必ずかかる税金は、印紙税と登録免許税です。一方で、売却時の状況に応じてかかる税金は譲渡所得税です。

ここでは、3種類の税金の概要や税額などを解説します。

土地売買契約書の作成時に課される「印紙税」

売買契約を結ぶ際には、売り手と買い手の間で合意した内容をまとめた売買契約書を交わします。契約書には物件の詳細情報や売買代金、所有権移転時期などのさまざまな内容が記載されています。

印紙税は、印紙税法で定められた文書に対して課せられる税金です。不動産取引きにともなう売買契約書は課税対象なので、印紙税の納付が必要です。

納付方法は、税額分の収入印紙を購入して契約書に貼り付けます。税額は契約書に記載された金額によって異なり、2024年3月31日までに作成された文書には軽減税率が適用されます。

”参考：国税庁「土地売買契約書」”

契約書は売り手分と買い手分の2通を作成するため、印紙税は両者それぞれ負担するのが一般的です。

土地の登記情報変更時に課される「登録免許税」

土地を売買すると、売り手から買い手に所有権が移ります。所有権を移転するためには、法務局で登記内容を変更する手続きが必要です。そのときにかかる税金が登録免許税です。

登録免許税とは、登録免許税法で定められた登記や認可などの手続きに対して課せられる税金です。税額は、固定資産税評価額に2％を乗じて算出します。

登録免許税＝固定資産税評価額×2％

例えば固定資産税評価額が1,000万円の場合、1,000万円×0.02で税額は20万円です。なお、2023年3月31日までに手続きすると軽減税率が適用されるため、税率が1.5％になります。

”参考：国税庁「No.7191 登録免許税の税額表」”

売却で利益を得た場合に課される「所得税」と「住民税」

土地を売買する際には、状況によって所得税と住民税がかかることがあります。これらは土地を売却して出た利益に対して課せられる税金で、総称して譲渡所得税と呼ばれています。

納付先はそれぞれ異なり、所得税は国で住民税は自治体です。譲渡所得税の税率は、土地の所有期間によって異なります。

2037年12月31日までは、東日本大震災の復興支援を目的に設立された復興特別所得税2.1%が所得税に上乗せされます。譲渡所得税は分離課税なので、ほかの所得と分けて計算します。

土地を売却した翌年には、納付のために確定申告が必要です。確定申告の際には、ほかの所得とあわせて手続きします。

譲渡所得税の計算方法

税額＝【課税譲渡所得－（取得費＋譲渡費用）－特別控除】×税率

式のなかには譲渡価額や取得費など聞き慣れない言葉も出てくるため、意味がよくわからない人も多いのではないでしょうか。次の表では式のなかに登場する言葉をわかりやすくまとめているので、ぜひ参考にしてください。

”参考：国税庁「No.3252 取得費となるもの」「No.3255 譲渡費用となるもの」「No.3223 譲渡所得の特別控除の種類」”

それでは、詳しく見ていきましょう。

1.課税譲渡所得を計算する

まずは、次の式で課税譲渡所得を計算します。

課税譲渡所得＝譲渡収入金額－（取得費＋譲渡費用）

譲渡収入金額とは、土地を売却して得られる次の金額のことです。

• 売却代金
• 固定資産税および都市計画税
• 金銭の代わりに受け取った物や権利　など

購入費用がわかる書類がないときは、売却代金の5％を概算取得費として計上できます。ただし、概算取得費で計算すると利益が大きくなるため、税額が高くなる可能性があります。

”参考：国税庁「No.3214 土地建物を売ったときの収入金額に含める金額」「No.3258 取得費が分からないとき」”

2.特別控除を差し引く

税額を計算する際には、適用要件を満たせば特別控除が利用できることがあります。特別控除は、所得税から一定の金額を差し引ける制度です。不動産を売却したときに利用できる特別控除は、次のとおりです。

【公共事業のために売却した場合の5,000万円特別控除】

都市計画法や道路法に基づく公共事業のために不動産を売却した場合は、要件を満たすと課税譲渡所得から5,000万円までを差し引ける制度です。適用を受けるためには、次の要件をすべて満たす必要があります。

• 売却した不動産が固定資産であること
• 売却で得た資産すべてに対してほかの特例の適用を受けていないこと
• 買い取りの申し出から6ヵ月を経過した日までに売却を完了していること
• 施行者から最初に買い取りの申し出を受けた人が売却していること

【マイホームを売却した場合の3,000万円特別控除】

自分が居住しているマイホームを売却した場合、所有期間に関係なく課税所得から3,000万円までを差し引ける制度です。適用要件の一部は、次のとおりです。

• マイホームを売却すること
• 居住しなくなった日から3年を経過する日の年末までに売却すること
• 売却の前年と前々年に同じ特例の適用を受けていないこと
• 売却した年と前年、前々年に買換えやマイホーム交換の特例の適用を受けていないこと　など

【特定土地区画整理事業のために売却した場合の2,000万円特別控除】

国土交通省の市街地のまちづくり活性事業のために不動産を売却した場合は、課税譲渡所得から2,000万円までを差し引ける制度です。適用対象になる売却や資産は、次のとおりです。

• 国、地方公共団体、独立行政法人都市再生機構等が土地区画整理事業、住宅街区整備事業、第一種市街地再開発事業または防災街区整備事業としておこなう公共施設の整備改善、宅地造成、共同住宅の建設等の事業のため土地等を売却した場合
• 防災街区整備事業の事業予定地内の土地等が都市計画法第56条第1項の規定に基づき、その防災街区整備事業の事業認可前に設立された防災街区整備事業組合に売却する場合
• 重要文化財、史跡、名勝、天然記念物や国立公園および国定公園の特別地域または自然環境保全地域の特別地区として指定された土地を地方公共団体等に売却した場合　など

【平成21年と平成22年に取得した土地を売却した場合の1,000万円特別控除】

指定期間内に不動産を購入して売却すると、課税譲渡所得から1,000万円が差し引ける制度です。特例を受けるための適用要件は、次のとおりです。

• 平成21年に購入した不動産を平成27年以降、または平成22年に購入した不動産を平成28年以降に売却
• 特別な関係の売り手から購入した不動産ではないこと
• 相続、遺贈、贈与、交換、代物弁済および所有権移転外リース取引で購入した不動産ではないこと

【農地保有の合理化のために売却した場合の800万円特別控除】

農業委員会の斡旋によって不動産を売却した場合、課税譲渡所得から800万円までを差し引ける制度です。

• 農用地利用集積計画または農業委員会の斡旋によって売却した場合
• 農地中間管理機構または農地利用集積円滑化団体に売却した場合

【低未利用土地等を売却した場合の100万円特別控除】

2020年7月1日から2022年12月31日までに都市計画区域内にある低未利用土地を500万円以下で売却すると、課税譲渡所得から100万円が差し引ける制度です。適用要件は次のとおりです。

• 売却した不動産が都市計画区域内にある低未利用土地であること
• 売却した年の1月1日時点で所有期間が5年超であること
• 売り手と買い手が特別な関係ではないこと
• 売却代金が500万円以下であること
• 売却後に不動産が利用されること
• 売却した不動産と一筆の土地から前年または前々年に同じ特例の適用を受けていないこと
• 売却した不動産はほかの特例の適用を受けていないこと

”参考：国税庁「No.3223 譲渡所得の特別控除の種類」”

3.税率をかける

最後に、不動産の所有期間に応じた税率をかければ譲渡所得税の税額が算出できます。所有期間の考え方は、不動産を売却した年の1月1日時点で5年を超えているか否かです。

所有期間が5年以下の場合は短期譲渡所得の39.63%、5年超の場合は長期譲渡所得の20.315%をかけます。

次の条件でシミュレーションした結果は、次のとおりです。

• 譲渡収入金額：4,000万円
• 取得費：3,250万円（購入代金3,000万円含む）
• 譲渡費用：250万円
• 所有期間：5年以下
• 特別控除：なし

【課税譲渡所得】

譲渡収入金額4,000万円-（取得費3,250万円+譲渡費用250万円）＝500万円

【譲渡所得税】

課税譲渡所得500万円×税率39.63%＝198万2,000円

上記の条件にマイホームを売却した場合の3,000万円特別控除が適用されたと仮定すると、譲渡所得税は非課税になります。

”参考：国税庁「マイホームを増改築等したとき」”

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土地売却後の確定申告の流れ

土地を売却して譲渡所得が発生した場合、売却の翌年に確定申告が必要です。確定申告が必要なのは、基本的に売却して利益が出た場合のみです。しかし、損失が出た場合でも損益通算によって節税できる可能性があります。

そのため、損失が出ても売却の翌年に確定申告したほうがよいでしょう。ここからは、確定申告の流れを解説します。

1.必要書類を準備する

確定申告の際には、確定申告書を始めとするさまざまな書類の準備が必要です。

2.確定申告書に記入する

書類が準備できたら、確定申告書に必要事項を記入しましょう。手書きのほかには、国税庁の公式ホームページ「確定申告書等作成コーナー」で画面に直接入力する方法もあります。

画面の案内にしたがって金額を入力すると自動計算してくれるため、初めての人でもわかりやすいです。

3.申告する

確定申告書の提出方法は、次のとおりです。

• 税務署の窓口
• 郵送
• e-Tax

提出期限は、毎年2月16日から3月15日までの1ヵ月間です。手続きは売却の翌年になるため、忘れないように注意しましょう。

土地売買時にかかる税金はあらかじめ理解を深めておくことが大切

特に売却代金を使う予定がある場合は、事前にシミュレーションして手元にどのくらい残るかを確認しておきましょう。また、仲介手数料や住宅ローン繰上返済手数料などの費用もかかるため、支払いが必要なすべての金額を整理しておくことが大切です。

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