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京都大学が開学以来125年にわたって収集してきた学術標本資料約260万点を収蔵。研究・教育活動に活用することと、その研究成果の公開を目的に設立された。展示品を「見る」だけでなく、熱帯雨林の鳥の声・スコールの雷鳴を聞いたり、アンモナイトに直接触れたりと、博物館を「感じて」もらえるようになっている。京大の学生や元教員たちが毎週土曜に開催する子ども博物館では、テーマに沿って学ぶことの楽しさを伝えている。大人も参加可能。
子供の夜泣きや癇の虫封じの神様で知られ、子どもを守るところから学業の神という側面も。鳥居前には狛犬ならぬ「狛鳩」が置かれ、社殿のあちこちにも土製の「神鳩」が見られる。これらは子どもの成長を祈願し、そのお礼に納められたもの。江戸時代から人々の信仰を集め、多くの大型絵馬が奉納された。大勢の子どもが行列を作って参拝する様子、子どもの遊ぶ様子を描いた絵馬など、ほかに例を見ない60点を展示公開する絵馬展示資料館を併設。
総合展示では、京都の歴史と文化を「ほんまもん」の実物資料や迫力の映像などで紹介。フィルムシアターでは京都ゆかりの映画作品の上映も。また年間を通じて多彩な特別展を開催している。明治39年(1906)建築の別館は、旧日本銀行京都支店の建物で重要文化財。重厚なレンガ造りの建物内は無料で入場できる(有料催事あり)。京都文化の情報発信のほか、様々なイベントも開催。江戸時代末期の京の町家の表構えを復元した「ろうじ店舗」では、食事やショッピングが楽しめる。
京菓子を「見る・食べる・感じる」ことができる文化施設。一階の立礼席「祥雲軒」では出来立ての京菓子と抹茶が味わえ、2階展示室では京菓子の歴史を見ることができる。また、前庭と坪庭に植えられた松竹梅・椿・ホトトギスなどの草木からは和菓子に欠かせない「四季」を感じられる。年一、二回の企画展期間以外は、常設展「和菓子のあゆみ」を開催。古代からの日本の菓子の歴史を紹介しており、菓子屋に伝わる菓子の図案帳や菓子型、菓子器などを展示している。
伏見は明治まで「伏水」と表記されていたことからもわかるように、酒造に不可欠な名水に恵まれた土地。今も月桂冠、黄桜、神聖など大手酒造メーカーが集結している。大正8年(1919)建造の月桂冠旧本社を利用した「伏見夢百衆」は、観光案内所も兼ねており、情報収集が可能。館内の喫茶室には利き酒セットもある。酒造りのルーツをたどるなら、月桂冠大倉記念館へ。明治時代の酒蔵を改装した展示室には酒造りに欠かせない当時の用具が展示され、試飲もできる。記念館南側からは、伏見の歴史を伝える観光屋形船・伏見十石舟が発着。
酒造メーカー・黄桜直営の施設。麦酒工房でつくられる出来たて地ビールは、生きた酵母の爽やかな味わいが散策途中の一杯にぴったり。黄桜酒場では京都ならではのおばんざいも楽しめる。ここでしか買えない吟醸生酒などの限定酒も販売。併設の資料館(10～16時)では、古くから日本人に親しまれてきた河童の起源や歴史、各地の伝承を紹介している。
アンティークを中心にさまざまなオルゴールを展示・演奏する博物館。世界各地で多くのオルゴールコレクターと交流したギド・リュージュのオルゴールコレクション約1500点から、厳選した150点以上を観賞できる。1796年作の「世界最古のオルゴール」は必見。館内にはオルゴールショップや、スイスの老舗オルゴールメーカーREUGEの作品が並ぶ「リュージュショップ」がある。
トロッコ嵯峨駅に併設されている鉄道ジオラマの展示館。精巧に作られた1/80サイズの京都の街のジオラマは、日本最大規模という大きなもの。ジオラマの天井には1万2025本の光ファイバーを使った星空が広がり、街の明かりと共に、幻想的な京の夜の雰囲気が味わえる。実際に使用されていた運転台のマスター・コントローラーで鉄道模型を操作できる体験(1回200円)や、ブルートレインを牽引していたEF66形電気機関車の運転席に座り、運転装置で小型カメラ付きの鉄道模型を走行させる臨場感のある運転体験(要予約、15分1000円)は子どもも大人も楽しめる。
多くの体験型の展示品をとおして、子どもから大人まで、科学の楽しさ、不思議さを体験できる科学館。第1展示場は、ティラノサウルスの動く模型やさまざまな恐竜の骨格標本を中心に、昆虫や水中のいきものなどを展示。第2展示場は、気象や天文・地学、物理・化学現象などを扱った展示品が充実。「プラネタリウム」や、未就学児を対象とした「親子ふれあいサイエンスルーム」を併設するほか、「屋外園」「チョウの家」などの屋外施設を備えている。
