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京都大学が開学以来120年にわたって収集してきた学術標本資料約260万点を収蔵。研究・教育活動に活用することと、その研究成果の公開を目的に設立された。展示品を「見る」だけでなく、熱帯雨林の鳥の声・スコールの雷鳴を聞いたり、アンモナイトに直接触れたりと、博物館を「感じて」もらえるようになっている。京大の学生や元教員たちが毎週土曜に開催する子ども博物館では、テーマに沿って学ぶことの楽しさを伝えている。大人も参加可能。
子供の夜泣きや癇の虫封じの神様で知られ、子供を守るところから学業の神という側面も。鳥居前には狛犬ならぬ「狛鳩」が置かれ、社殿のあちこちにも土製の「神鳩」が見られる。これらは子供の成長を祈願し、そのお礼に納められたもの。江戸時代から人々の信仰を集め、多くの大型絵馬が奉納された。大勢の子供が行列を作って参拝する様子、子どもの遊ぶ様子を描いた絵馬など、ほかに例を見ない60点を展示公開する絵馬展示資料館を併設。
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