仁和4年(888)、比叡山延暦寺の塔頭として創建された。御所から東北に位置し、鬼門に当たることから、古来、方除け、厄除けの祈願所として御所を守り、また広く人々の信仰を集めてきた。本殿には「皇城表鬼門」と大書され、拝殿の屋根の上には比叡山を守護する日吉大社の神猿の像が鎮座している。ここは「都七福神」の一つである福禄寿の寺でもあり、福禄寿神の姿をした「お姿みくじ」が人気だ。
もとは比叡山西塔にあり東尾坊と呼ばれたが、その後各地を巡り、明暦2年(1656)桂離宮を造営した八条宮智仁[としひと]親王の子である良尚法親王(天台座主)によりこの地に建てられた。数寄屋造の大書院(重要文化財)には主座敷が2間あり、間仕切りの卍くずしの欄間の意匠などに桂離宮の影響がうかがえるところから「小さな桂離宮」ともいわれている。続く小書院(重要文化財)の襖絵は狩野探幽作と伝えられ、黄昏の間には10種類の寄せ木で造られた「曼殊院棚」と呼ばれる違い棚がある。書院前の枯山水庭園(名勝)は、5月のツツジ、11月の紅葉のころが特に美しい。八窓茶室(重要文化財)は小堀遠州好みと伝えられている。
京都を流れる鴨川の水源地にあたり、水の供給を司る神様を祀る。創建年代は不詳だが、平安京遷都以来、水源を守る神として皇室からも格別の崇敬を受けてきた古社。日照りや長雨が続いた時には雨乞い・雨止め神事が行われ、現在も農業や菓子・酒造業など水に関わりのあるあらゆる業種の人々の信仰を集めている。平安時代の女流歌人・和泉式部が参拝し、復縁祈願が成就したことから、縁結びの神様としても信仰を集める。本宮境内には、重森三玲作の石庭がある。