本渡市街地を一望する城山公園内にある。2階展示室では、「天草キリシタン史」、「南蛮文化の伝来と天草」、「島原・天草一揆」、「一揆後の天草復興とキリスト教信仰」の4ゾーンに分けて天草の歴史を紹介。島原・天草一揆で実際に使われ、血痕や矢弾の跡が残る国指定重要文化財「綸子地著色聖体秘蹟図指物[りんずじちゃくしょくせいたいひせきずさしもの](天草四郎陣中旗)」は、キリシタン史を代表する貴重な資料で、通常はレプリカだが定期的に実物を展示公開。島原・天草一揆時の武器や踏絵など、約150点の展示品はどれも興味深い。
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